学术查重只有两次的原因主要是出于保护版权的考虑。学术作为知识产权保护的平台，限制查重次数可以有效防止盗版抄袭行为。此举旨在保护原创作者的权益，促进学术诚信。另外，限制查重次数也可以降低服务器负荷，提高系统稳定性。

另外，学术查重只有两次还可以激励用户注意论文质量，避免敷衍了事地提交。通过限制查重次数，鼓励用户在提交前认真自查，确保文献的原创性和学术价值。这种机制有助于提高学术水平，促进学术研究的规范化发展。