在硕士论文查重过程中，可能会遇到文献引用格式不规范的问题。解决这一问题的方法是在撰写论文时严格按照学术规范进行引用，确保每一处引用都符合规范要求。此外，还可以利用专业的查重软件进行自查，及时发现并修改引用格式不当的地方。另外，要注意避免直接复制粘贴他人的观点和文字，以免误入抄袭的误区。

另一个可能遇到的问题是论文中存在过多与他人相似的内容，导致查重比例过高。解决这一问题的方法是在写作过程中保持原创性，注重个人观点和研究成果的呈现。可以通过增加自身的研究成果展示，提出独特见解，减少与他人重复的内容。此外，也可以通过合理引用他人观点并加以批判性分析，凸显个人研究的独特性，降低查重比例。