硕士论文查重软件在学术研究中的应用主要体现在以下几个方面：首先，可以帮助学术界检测学术不端行为，确保学术诚信。其次，可以帮助研究人员避免自我抄袭和剽窃他人成果，提高学术研究的水平和质量。此外，硕士论文查重软件还可以帮助研究人员发现文献中的重复内容，提高研究效率，节省时间。

另外，硕士论文查重软件还可以帮助研究人员比对自己的研究成果与他人的研究成果，发现研究的重要性和创新性，促进学术交流和合作。此外，硕士论文查重软件还可以帮助学术期刊编辑检测投稿论文的原创性和重复性，提高期刊的学术声誉和影响力。总的来说，硕士论文查重软件在学术研究中的应用对于维护学术诚信、促进学术交流和提高学术质量都具有重要意义。