在硕士论文查重过程中，可能遇到的问题之一是文献引用格式不规范。解决方法包括仔细阅读学校提供的论文写作规范，使用专业的文献管理工具，如EndNote或NoteExpress，确保引用格式符合要求。此外，可以请导师或专业编辑进行审校，避免格式错误。另外，也要注意文献的准确性和完整性，避免遗漏或错误引用。

另一个可能遇到的问题是论文内容原创性不足。解决方法包括提前进行文献综述，确保对相关研究有充分了解，避免重复他人研究成果。可以借助查重软件进行自查，及时发现和修改重复内容。此外，也可以请导师或专业编辑进行论文润色，提出修改建议，确保论文内容符合学术要求和原创性要求。