在使用硕士论文查重软件时，首先要保证文档格式正确，避免因格式问题导致查重不准确。其次，应该注意文献引用格式的一致性，避免误判。另外，定期更新软件版本，以确保查重算法的准确性。同时，避免将他人作品直接复制粘贴，要注重原创性。

除了注意文档格式和文献引用的准确性外，还需要关注查重结果的解读。查重软件给出的相似比例并非绝对准确，需要结合实际情况进行分析。此外，查重后应该及时修改文档中存在的相似内容，保证论文的独立性和原创性。同时，谨慎使用免费查重软件，建议选择正规权威的付费软件，以确保查重结果的可信度。